不妊治療の医療費控除、いくら戻ってくるか計算してみた

不妊治療は年間の医療費が高額になりやすい治療です。 確定申告で医療費控除を使えば、所得税と住民税の一部が戻ってきます。 この記事では、年収別の還付額の計算、自費の先進医療や検査費用が対象になるか、 助成金を受け取った場合の扱い、e-Taxでの申告手順まで、まとめて解説します。

医療費控除の基本ルール

医療費控除は、1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費が10万円を超えた場合に使える制度です。 10万円を超えた分が所得から控除され、その分の所得税と住民税が還付されます。

不妊治療で控除対象になる費用・ならない費用

保険適用・自費を問わず、治療目的の費用は基本的に控除対象です。 通院の交通費は公共交通機関の利用分のみ。タクシーは緊急時のみ認められます。

自費の先進医療・検査費用も控除対象になる

「保険適用分だけが対象でしょ?」と思うかもしれませんが、違います。 自費で支払った先進医療費や検査費用も、治療目的であれば医療費控除の対象です。

先進医療は高額療養費の対象外なので、全額が自己負担になります。 だからこそ医療費控除で取り戻せる金額が大きくなります。 年間の先進医療費が30万円あれば、年収500万円の場合で約6万円が還付される計算です。

助成金を受け取った場合の計算

自治体の助成金を受け取った場合、その金額は医療費控除の計算から差し引きます。 高額療養費の払い戻しと同じ扱いです。

助成金を受け取っても、全体の医療費が高ければ控除額は十分残ります。 「助成金をもらったから控除できない」ということはありません。 助成金の自治体差については助成金の自治体比較記事で詳しく解説しています。

年収別の還付額シミュレーション

年間の医療費が100万円だった場合、いくら戻ってくるか年収別に試算します。 高額療養費の払い戻し分は差し引いて計算しています。

計算式: (医療費100万円 - 10万円) x 税率 = 所得税還付額。住民税は一律10%で計算。 実際の税率は課税所得に応じて異なります。復興特別所得税（2.1%）は含んでいません。

年収500万円で年間医療費100万円の場合、約27万円が戻ってくる計算です。 不妊治療の費用負担を考える際に、この還付額は見落とせない金額です。

確定申告のやり方（e-Tax手順）

医療費控除の確定申告は、e-Taxを使えば自宅から完結します。 スマホとマイナンバーカードがあれば、税務署に行く必要はありません。

申告期限は翌年の3月15日です。還付申告のみの場合は1月1日から5年間申告できます。 会社員で年末調整済みの方も、医療費控除だけ別途確定申告が可能です。

セルフメディケーション税制との違い

医療費控除と似た制度に「セルフメディケーション税制」がありますが、不妊治療の場合は医療費控除の方が有利です。

不妊治療で年間10万円を超えるのはほぼ確実なので、医療費控除を選んだ方がお得です。 セルフメディケーション税制は上限が8.8万円と低く、対象も市販薬に限られます。

高額療養費との関係

高額療養費で払い戻しを受けた金額は、医療費控除の対象額から差し引きます。 二重に還付を受けることはできません。

高額療養費制度について詳しくは、高額療養費制度の記事をご覧ください。 月ごとの支払い管理で医療費控除の計算にも役立つ高額療養費「あといくら」の記事もおすすめです。 複数周期の累計費用については、複数周期の費用記事で解説しています。 治療費以外にかかるサプリ代の費用感は、葉酸サプリの費用比較の記事を参考にしてください。 高額療養費・助成金と医療費控除を3つ同時に使った場合の計算例は3つの制度を併用した場合のシミュレーションで紹介しています。 また、2026年8月からの高額療養費改定が医療費控除にも影響するため、改定の詳細も確認しておくと安心です。