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高額療養費、助成金、医療費控除。3つ使い倒したらいくら戻る?

高額療養費、助成金、医療費控除。3つ使い倒したらいくら戻る?

管理人|

「高額療養費と医療費控除って両方使えるの? 二重取りにならない?」

「助成金もらった分は医療費控除から引くの? 計算がわからない」

SNS上の匿名の声を要約・意訳しています

不妊治療の費用を軽減する制度は、主に3つあります。 高額療養費、自治体の助成金、そして医療費控除。 それぞれ別の仕組みなので、3つとも使えます。二重取りではありません。

ただし、適用される順序と計算方法が少しややこしい。 この記事では、体外受精を例に「3つ全部使ったらいくら戻るか」を具体的に計算します。

3つの制度、それぞれ何が違う?

制度管轄対象タイミング
高額療養費健康保険(国)保険適用分の自己負担毎月自動(認定証あり)
自治体助成金都道府県・市区町村先進医療費(自費分)申請後に還付
医療費控除国税庁年間の医療費合計確定申告(翌年2〜3月)

3つの制度は管轄が全く違います。厚労省、自治体、国税庁。 だから公式サイトを見ても「3つを組み合わせた場合の計算」はどこにも書かれていません。 ここが、自分で整理するしかないポイントです。

具体例で計算してみる

以下の条件で、3つの制度をすべて使った場合の実質負担を計算します。

前提条件

治療内容: 体外受精 3周期(同一年内)

年収: 500万円(区分ウ)

居住地: 東京都

先進医療: SEET法(1回5万円)を毎周期使用

交通費: 月5,000円 × 6ヶ月 = 3万円

ステップ1. 窓口で支払う金額

項目1周期3周期合計
保険適用分の窓口負担(3割)約12万円約36万円
先進医療(SEET法)5万円15万円
窓口支払い合計約17万円約51万円

ステップ2. 高額療養費で保険分の負担を軽減

区分ウの自己負担限度額は月約80,100円です。 保険適用分の窓口負担(月12万円)が上限を超えるため、超過分が戻ります。

保険分の窓口負担: 12万円/月

高額療養費の上限: 約80,100円/月

戻ってくる金額: 約39,900円/月

→ 3周期(3ヶ月)で約12万円が戻る

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ステップ3. 自治体助成金で先進医療費をカバー

東京都の場合、先進医療費の7割(1回あたり上限15万円)が助成されます。 SEET法5万円 × 7割 = 35,000円/回が戻ります。

先進医療費: 5万円/回

助成額: 35,000円/回(7割)

→ 3周期で105,000円が戻る

助成金額は自治体によって大きく異なります。詳しくは自治体別の助成金比較をご確認ください。

ステップ4. 医療費控除で税金が戻る

医療費控除は、年間の実質負担額(窓口支払い - 高額療養費 - 助成金)が10万円を超えた場合に使えます。

窓口支払い合計: 51万円

- 高額療養費の還付: 12万円

- 助成金: 10.5万円

+ 交通費: 3万円(医療費控除の対象)

= 医療費控除の対象額: 31.5万円

- 基礎控除: 10万円

= 控除額: 21.5万円

年収500万の所得税率(20%)+ 住民税(10%)= 30%

→ 還付額: 約64,500円

3つ全部使った結果

項目金額
窓口で支払った合計510,000円
- 高額療養費の還付-120,000円
- 自治体助成金-105,000円
- 医療費控除の還付-64,500円
実質負担約220,500円
3つの制度で戻った合計約289,500円

窓口で51万円支払いましたが、3つの制度を使い倒すことで約29万円が戻ってきます。 実質負担は約22万円。何も使わない場合と比べて、56%の負担軽減です。

よくある誤解

「高額療養費をもらったら、医療費控除は使えない?」

→ 使えます。ただし、高額療養費で戻った分は医療費から差し引いて計算します。二重取りにはなりません。

「助成金をもらった分は、医療費控除から引くの?」

→ はい。助成金は「保険等で補填された金額」に含まれるため、医療費の合計から差し引きます。

「先進医療費は高額療養費の対象?」

→ いいえ。先進医療費は保険適用外なので、高額療養費の計算には含まれません。先進医療費は自治体の助成金でカバーします。

「3つの制度、どの順番で申請するの?」

→ 高額療養費は限度額認定証があれば窓口で自動適用。助成金は治療後に自治体に申請。医療費控除は年末に確定申告。タイミングは重ならないので、順番を気にする必要はありません。

計算をもっと簡単にするには

この記事の計算を自分の条件でやってみたい方は、シミュレーターをお使いください。 年収・治療ステージ・居住地を入力するだけで、高額療養費と助成金を自動で差し引いた実質負担が出ます。

各制度の詳しい解説は以下の記事をご覧ください。

高額療養費制度の基本- 所得区分と限度額の仕組み

医療費控除の計算方法- 年収別の還付額シミュレーション

自治体助成金の比較- 都道府県ごとの助成額の違い

2026年8月の高額療養費改定- 上限引き上げの影響を計算

限度額適用認定証の取り方- 窓口負担を抑える手続き

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出典・参考情報

免責事項

本記事は一般的な情報提供を目的としており、特定の税務・医療判断を推奨するものではありません。 確定申告については税務署または税理士にご確認ください。 治療に関する判断は主治医にご相談ください。

管理人

にんかつのミカタ 編集部

不妊治療中の当事者として、自身の経験をもとに費用・制度情報を発信しています。すべての記事は公的データに基づいています。